В состав правительственной части трёхсторонней комиссии включены 15 представителей Минфина, Минрегиона, Минэкономразвития, Минтранса, Минтруда, Минздрава, Минкультуры, Минспорта, Минобрнауки, Минсельхоза, Росстата и аппарата правительства страны.
Основными задачами трёхсторонней комиссии являются рассмотрение вопросов по совершенствованию и повышению эффективности межбюджетных отношений в РФ, формированию, распределению и предоставлению межбюджетных трансфертов из федерального бюджета бюджетам субъектов РФ и муниципальных образований, а также по развитию механизмов финансовой поддержки региональных и местных бюджетов.